某賃貸アパート会社で設計と異なる仕様や構造で設計されていたことが大問題になっていますが、
行政による検査もあるはずなのでなぜそのまま通ってしまっているのでしょうか？

一般的に建物が建築された場合には完了検査を受け検査済証の発行を受けます。

一昔前は完了検査自体を重要視しない傾向もあって完了検査を受けていないケースも多々ありましたが、最近建築された物件ではほとんどのケースで適法に検査を受けています。

ではなぜこのような問題になったのかですが、まず完成した後の検査で内部構造の違法性までは分からないこと、

実際には現地確認、建築関係書類との照合、建築中の写真などから建築基準法に適合するかどうかを判断し「検査済証」が発行されるという実態からもこういった問題が起きたのだと推察されます。