民法では境界から５０ｃｍ後退しなければならないはずですが、境界ギリギリに建築している建築物を見かけます。違法建築なのでしょうか？

民法上の規定はご質問者様のご指摘通りで境界から５０ｃｍ以上離すというのが原則となります。一方、建築基準法では防火地域又は準防火地域内にあり、外壁が耐火構造のものについては、その外壁を隣地境界線に接して設けることができる。

と規定されており、この規定は民法に優先して適用されます。

なお、防火地域内の耐火建築物は建蔽率の計算においても緩和を受けることができます。