登記簿の床面積には建物でも含まれない部分があるそうですがどういった部分でしょうか？

周囲に壁のないベランダやバルコニーは床面積に含まれません。

他には条件によりますが階段や出窓も床面積に参入されない場合があります。また、外階段も床面積には参入されません。

ただ、建物の構造は色々なので一律で床面積に含む含まないといった判断が出来ないケースもありますので注意が必要です。