実家が借地権で長く住んでいるのですが借地権の更新について地主と協議しないまま期間が過ぎてしまいました。この場合どうなるのでしょうか？不法占拠とかでしょうか？

借地権の存続期間が満了しても、借地権者（借主）が土地の使用を継続し、土地上に建物がある場合には、賃貸借契約（借地契約）が更新されたという扱いとなり「法定更新」といいます。不法占拠にはならないのでご安心ください。なお、更新後の期間については従前と同一条件になります。ただ、法定更新について地主側も状況を把握できていない可能性があります。更新料の支払いなど後日突然請求されることがあります（時効にならない限り地主はいつでも請求できます）ので、特にトラブルなどがないのであれば早めに地主側に連絡を入れるのが良いでしょう。