賃貸で居住中のマンションについて貸主から購入しないかという打診がありました。
１１年ほど居住しており、これまでの賃料は相場通り。現状引き渡しですが経年劣化分のリフォームが必要だろうとの事で、棟内の別部屋よりも５００万円ほど安い価格を掲示されています。
あまりに安いと贈与税がかかるとも聞きますがどうなのでしょうか？

ご指摘の通り根拠なく極端に安い価格での売買の場合、差額分が贈与とみなされる可能性があります。

判断は税務署になりますので断言はできないという前提にはなりますが、本件はこれまで賃貸居住をしており、さらにリフォーム費用分を勘案しての価格ということなので、適正な売買価格と判断されるのでは、と思います。

ご心配であれば固定資産評価額なども事前に調べておくと良いと思います。また、仲介会社を介さない個人間での売買とするのであれば、出来れば司法書士に契約書等の作成を依頼した方が安心です。