事前審査は通してありますが、売買契約後に住宅ローンが否決された場合はどうなるのでしょうか？

契約後に住宅ローンが否決され、契約を履行できなくなった場合は違約となり違約金や場合によっては損害賠償が発生してしまいます。

そこで通常は住宅ローンが否決された場合は白紙解約とする旨の特約（ローン条項）を売買契約書に盛り込んで契約するのが普通です。