現在、住宅ローンを二本立てで組んでおり、変動金利で1300万（利率0.975%）、フラット35Sで2300万（当初10年間は利率1.73%）借りています。期間は35年です。
繰り上げ返済をしていこうと考えていますが、変動分かフラット分か、どちらを返済するのが良いのかわかりません。

繰り上げ返済の効果は金利の高い方から返済するのが最も効果が大きいので、通常はそのように返済します。

ただ、ご家庭の状況も考慮する必要があり、お子様の教育費など大きなお金が必要になる可能性があるのであれば、あえて固定分を残して今後のマネープランを立てやすくするのも一つの手です。

どちらが得というよりは、今後の生活状況やご家族の状況を想定して返済計画を立てるのが良いと思います。