購入した仲介会社の金融機関を使いたくなかったので、自分で住宅ローンの手続きをしていましたが、書類不備で決済日までに審査が間に合わなくなってしまいました。売主からは違約と言われていますが、ローン特約で解約できないでしょうか？

ローン特約というのは、融資の全部または一部について承認が得られなかった場合に、売買契約を無条件で白紙解除したり、契約を解除することができるという条件を付けることをいいます。ご質問者様の場合、単に手続き上のミスで審査が間に合わないだけで、厳しい言い方をすれば契約にかかわる他の方々全てに迷惑をかけている状況です。まずはご質問者様の契約のローン特約をご確認の上、仲介会社や売主側に丁寧に説明をして無事に取引を完了できるよう協力を求めるべきかと思います。