相続したままになっている遠方にある実家を売却予定です。地元の不動産会社が調べたところ測量図にはない境界標があったようなのですがどうしてこのようなことが起きるのでしょうか？

境界標は必ずしも正確性を担保するものではありません。特に古い境界標や行政の表示が無いものなどは「いつ」「だれが」設置したのか分からないこともあります。また。工事の際に取れてしまって適当に戻されてしまうようなケースもありますし、誰かが勝手に設置したという可能性すら考えられます。そのため、信頼できる境界標は地積測量図に示されている境界標で、再測量してもズレが無いものに限ります。ご質問者様の場合は地積測量図があるとの事なのでそちらを信頼されれば問題ないかと思います。