平成２５年９月末までにハウスメーカーと建物の請負契約を締結しましたが、引渡しが平成２６年４月１日以降になってしまいます。その場合、新しい住宅ローン控除が適用され、限度額４０００万円になるのでしょうか？

平成２５年度の税制改正により、居住開始日が「平成２６年３月３１日まで」と「平成２６年４月１日以降」で住宅ローン控除の内容が変わります。この新住宅ローン控除が適用されるためには条件があり、「住宅の対価の額または費用の額に含まれる消費税等の税率が８％の場合に限る」とされています。

ですので、ご質問者様のケースでは居住開始が４月１日以降でも従前の住宅ローン控除が適用される事になります。