夫年収５００万円、妻２５０万円（消費者金融９０万円借り入れ有）の夫婦世帯。住宅ローンの事前審査を出すのですが、夫単独の方が良いでしょうか？それとも合算の方が良いでしょうか？

借入額が分からないので１００％の回答にはなりませんがご容赦ください。まず結論から申し上げると、妻を合算対象として住宅ローン審査に出すのはやめましょう。高確率で否決されることになります。ご質問に記載頂いている通り、消費者金融からの借り入れが大きなマイナス要素となります。

夫単独でも他に借り入れが無ければ３８００万円程度までは借り入れ出来るはずなので、物件価格を抑えるか、頭金を多めに用意して借入額を減らし、夫単独で住宅ローンを組む方向で検討されるのが得策かと思います。