購入検討している物件が容積率オーバーとなっていました。何かデメリットはあるのでしょうか？

容積率オーバーの物件の場合、大手銀行の住宅ローン融資は受けられない可能性が高く、その分割安な価格に設定されている事が多いです。

ただ、絶対に融資不可というわけではなく、１００％融資は難しいかもしれませんが取り扱ってくれる金融機関もありますのでまずは担当者に相談してみましょう。