勤続１０年、年収５００万円、３１００万円のフルローンで購入を考え、事前審査に出しましたがメガバンク２行で否決されてしまいました。現在、消費者金融に５５万円程度の借入がありますが返済比率等は問題ないと思います。

ご質問者様も何となく察しておられるようですが、原因は消費者金融での借り入れでほぼ間違いないでしょう。もちろん断定はできませんが、消費者金融での借り入れがある場合には審査が非常に厳しくなります。返済比率に問題が無い前提ですが、住宅ローン審査で許容されるのは自動車ローンくらいとお考え下さい。まずは今ある借り入れを一括返済し、改めて住宅購入をご検討されてはいかがでしょうか？