自宅の住宅ローンについて、子供が生まれた頃から数年間に渡って両親が肩代わりして払ってくれていますが問題あるでしょうか？

住宅ローンの返済を肩代わりすることは贈与にあたる可能性が高いです。このままバレずに済む可能性もありますが、税務署はご質問者様の金融機関残高や取引状況などを無条件で調査する権限を持っていますので、油断しているとあっさりバレて無申告ということにもなりかねません。

ご心配であれば親子で金銭消費貸借契約を結んで贈与税に当たらないようにしておくなど、対策方法はいくつかありますので税理士や不動産会社などに相談してみることをお勧めします。