面積には壁芯と内法の２種類あるのは知っていますが、この違いで何か問題になることはあるのでしょうか？

壁芯面積とは『柱や壁の厚みの中心線から測られた床面積』のことをいい、不動産広告に記載されているのは、

この「壁芯面積」です。一方、内法面積とは『壁で囲まれた内側だけの建物の床面積』をいい、登記簿謄本に記載されている面積が、この「内法面積」になります。

問題というか注意すべき点としては、チラシ等で５１．３㎡などと記載されていたけれど、実は、登記簿面積が５０㎡未満といったケースです。

住宅ローン控除や登録免許税などの優遇の対象は５０㎡以上が条件で、その面積は「壁芯」ではなく「内法」です。

もし、知らずに購入したとしても、内法面積で５０㎡未満の場合は税制優遇は受けられません。