検討中の土地がありますがセットバックが必要です。
このセットバック部分の固定資産税は誰が払うのでしょうか？

セットバック部分の固定資産税についてはセットバック部分の土地を寄付、または非課税申請をする事で非課税とする事ができます。寄付については自治体によって難しい場合もありますので確認が必要です。

売主が不動産会社の場合は、こういった手続きを全て完了した状態で販売するのがほとんどです。個人から購入する場合にはハウスメーカーに相談してみましょう。