購入したマンションの床面積が47平米（登記簿）しかありません。
不動産取得税の軽減を受けるのは無理でしょうか？

不動産取得税の軽減措置は床面積が50m2以上240m2以下の物件が対象となりますが、

マンションの場合には共用部分を按分して専有部分に加えた面積が基準となりますのでご質問のお部屋でも基準を満たすかもしれません。

固定資産税評価証明書の「現況床面積」の欄が50m2以上であれば不動産取得税の軽減の特例を受けることができますので一度ご確認頂ければ幸いです。