在宅勤務や副業で自宅の一部を“仕事用”として使ってきました（家事按分で経費計上）。この自宅を売る場合、仕事用の割合は居住用の特例が使えなくなりますか？どこまでが非課税・課税になるのか不安です。

売却の税金は「名義」よりも使い方の実態を見ます。ポイントは、①どれだけの面積（もしくは時間）を仕事に使ってきたか、②その事実を帳簿や申告でどう扱ってきたか、③売却時点での用途の３点です。

まず、自宅のうち居住に使っていた部分は、いわゆる居住用の特例の対象になり得ます。一方で、事業用として継続的に使い経費計上までしていた部分は原則として特例の対象外と判断されやすいです。ご質問者様が会社員の方で家事按分の経費計上をしていない場合は、実務上は全面居住用として扱える余地が広がります。逆に、個人事業主やフリーランスで減価償却まで行っていた場合には、事業用割合に応じて建物の譲渡益の一部が特例対象外になり得ます。なお、見落とされがちな点として、事業用として減価償却していた建物は簿価が下がっています。売却益の計算で効いてきますので、ここも一緒に計算し直すと良いでしょう。