検討中の物件が増築未登記部分のある物件なのですが、住宅ローンの審査で不安を抱えたくないのでちゃんと登記をしたいと思っています。この登記費用は売主と買主のどちらが負担するのでしょうか？

増築した場合、本来は登記しなければなりませんが未登記のままというケースは非常に多くあります。登記費用の負担についてはケースバイケースですね。買主で負担するかわりに指値をする場合もありますし、引き渡しまでに売主負担でという場合もあります。ご質問者様の場合は売主の責任と負担で引き渡しまでに建物表題変更登記をしてもらうというのが良いと思いますので、まずはその内容で交渉をしてみることをお勧めします。