自宅マンションを売却して購入資金にあてるため、買い替え特約を付けて買い替え先の購入をしようと思っていましたが、
売主側から買い替え特約を付けた契約を拒否されてしまいました。

買い替え特約が一定期日までに売却が成立しなかった場合、購入の契約を白紙解除するというものです。

買い替え先物件の売主にも売却する事情がある以上、買い替え特約という「いつ白紙になるか分からない契約」というのは

リスク以外の何物でもありません。これは売主が個人でも不動産業者でも拒否されるケースが多いかと思います。

買い替え特約付きで契約するケースとしては新築マンションの分譲会社が社内の仲介部門で売却も担当する場合があります。

確実に購入先を契約するのであれば売却優先で進められる方が良いでしょう。