購入後数年で資金を貯めて繰り上げ返済しようと思っていますが、
期間を短縮するのと返済額を減らすのではどちらが得なのでしょうか？

単純に総返済額を減らしたいのであれば「期間の短縮」のほうが一般的に効果が大きくなります。

ただ、家計の状況によっては月々の返済額を減らした方が生活が楽になるケースもありますので、

繰り上げ返済するタイミングで何を目的とするのか決めて検討することをお勧めします。